Aastal 1997 kanti Vilsandi rahvuspark rahvusvahelise tähtsusega märgalade ehk Ramsari nimistusse. Rahvuspark on 1990. aastast osa Lääne-Eesti saarte biosfääri programmialast, mis 27 kuulub UNESCO võrgustikku.

Vilsandi rahvuspargi suurim väärtus on mere- ja rannikukooslused, mis pakuvad elupaiku nii lindudele kui ka teistele liigirühmadele, näiteks imetajatele ja kahepaiksetele, ning kasvukohti mitmesugustele taime-, seene- ja samblikuliikidele. Rahvusparki kuulub ka ohustatud metsakooslusi, kus leidub lisaks merikotkastele ka teisi vanu metsi eelistavaid liike. 1. aprillil 2023 jõustus uus kaitse-eeskiri, mis laiendas rahvuspargi pindala 48 600 hektarini (Keskkonnaamet 2023). Kaitseala valitseja on keskkonnaamet ning külastuskorraldust ja haldust viib läbi RMK, kelle ülesanne on säästliku rekreatiivse looduskasutuse korraldamine riigimetsas, arvestades looduse taluvuspiire ja säästes bioloogilist mitmekesisust (RMK külastuskorraldus 2024).

Vilsandi rahvuspargis on külastajatel võimalik tutvuda Loona mõisas RMK külastuskeskusega, mis tutvustab Vilsandi saare rahvuspargi loodust, ajalugu ja kultuuripärandit. Matkamiseks on mitmesugused võimalused Harilaiul, kus 9 ja 6 km pikkused matkarajad viivad välja Kiipsaare tuletorni juurde. Vilsandi saarel on võimalik matkata 8 ja 6 km pikkust rada mööda.